[서울=뉴스핌] 이성화 기자 = 위장사업자인지 모르고 물품 거래를 한 뒤 세금계산서를 받은 업체에 대한 세무당국의 과세 처분을 취소하라는 법원 판단이 나왔다.

15일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정2부(신명희 부장판사)는 A사가 서울 도봉세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송에서 원고 일부 승소로 판결했다.

코스닥 상장사인 A사는 2019년 한 업체를 흡수합병했다. 해당 업체는 B사와 휴대폰 충전기 거래 명목으로 공급가액 7억3200여만원의 세금계산서를 받아 2015년 2기 부가가치세액(7320여만원)을 매입세액으로 공제해 부가가치세를 확정신고했다.

또 C·D사와 휴대폰 거치대 거래 명목으로 각각 5억1000만원, 4억5200만원의 세금계산서를 수취하고 합계 9620만원의 부가가치세액을 매입세액으로 공제한 뒤 2016년 1기 귀속 부가가치세 예정신고 및 확정신고를 했다.

세무당국은 2020년 8~11월 A사에 대한 세무조사를 실시한 뒤 각 세금계산서가 재화의 공급 없이 수수한 가공세금계산서라고 보고 2015년 2기 귀속 부가가치세 1억5300여만원, 2016년 1기 귀속 부가가치세 1억9700여만원을 각 경정·고지했다.

이에 불복한 A사는 부가가치세 부과처분을 취소해달라며 소송을 제기했다.

소송에서 A사는 B·C사로부터 실제 물품을 공급받고 대금을 지급한 뒤 세금계산서를 수취했다며 가공거래가 아니라고 주장했다. 또 설령 해당 업체들이 '자료상(사업자등록을 해놓고 가짜세금계산서를 발행해 수수료를 챙기는 자)'에 해당하더라도 위장거래를 알지 못해 과실이 없다고 했다.

A사는 당초 D사 발주금액 전체에 대해 세금계산서를 발급했는데 이후 공급에 차질이 생겨 수정세금계산서를 발급한 것이라며 정당세액은 7010만원에 국한된다고 했다.

반면 세무당국은 실물 거래가 존재했다 하더라도 '자료상'으로 확정된 B·C사가 실제 공급자가 될 수 없고 실제 사업자를 확인하지 않은 A사에도 과실이 있다고 맞섰다. 아울러 수정세금계산서가 발급됐다고 하더라도 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다고 봤다.

재판부는 A사와 B·C사와의 거래가 가공거래가 아니라고 판단, 해당 부가가치세 부과처분을 취소하라고 했다.

제3의 업체가 B·C사의 명의를 이용해 A사에게 물품을 공급한 것으로 보이지만 A사가 B·C사와 거래를 통해 매입한 휴대폰 충전기와 거치대를 판매한 매출 내역이 존재해 가공의 세금계산서로 볼 수 없다는 것이다.

재판부는 A사가 거래 상대방이 위장사업자인지 여부를 적극적으로 조사할 의무는 없고 거래 당시 정상적으로 사업자등록이 된 B·C사에 대해 선의, 무과실 상태였다고 봤다.

이어 "만일 원고가 위장거래라는 점을 알면서도 부가가치세 등을 지급했다면 이는 스스로 부가가치세를 이중으로 부담할 위험을 떠안게 되는 것이어서 사회 통념상 이례적"이라며 "원고는 이 사건 거래 당시 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 명의 위장사실을 알지 못했고 알지 못한 데에 과실이 없는 특별한 사정이 있다"고 설명했다.

재판부는 D사와의 거래에 대해서도 A사 측 주장을 받아들여 7465만원만 정당세액으로 인정하고 나머지는 취소하라고 했다.

그러면서 "원고가 부정행위로 납부세액을 과소신고했다고 보기 어렵고 세금계산서의 필요적 기재사항이 착오 또는 과실로 적혀 있지 않거나 사실과 다른 경우에 해당한다"며 세무당국과 다르게 국세기본법상 과소신고가산세(10%), 부가가치세법상 세금계산서수취가산세(1%)를 적용했다. 

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