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[뉴스핌=우수연 기자] 정부가 본격 시행을 앞두고 있는 소득세법 시행령 일부가 코스닥기업들에 상당히 불리하게 작용한다는 지적이 나오고 있다. 올해부터 주식 양도소득세 과세범위가 확대될 예정인 가운데, 같은 금액을 투자하더라도 투자회사가 소속된 시장(코스피,코스닥)에 따라 과세 여부가 달라질 수 있기 때문인데 상대적으로 코스닥 상장기업들에 상당히 불리하다는 것이 업계 전문가들 지적이다. 특히 벤처와 모험자본 육성을 외쳤던 정부의 이 같은 조치에 코스닥 상장사 상당수가 반발하고 있다.

18일 금융투자업계에 따르면, 오는 4월부터 주식 양도소득세 과세 대상이 확대된다. 유가증권 시장은 지분율 1% 또는 시가총액 25억원 이상, 코스닥 시장은 지분율 2% 또는 20억원 이상의 주식을 팔게되면 세금(22%)을 물게된다.

◆ 코스피 절반 비과세, 코스닥 100% 과세…형평성 어긋나

관련업계에선 이번 소득세법 개정이 유가증권 시장보다 코스닥 시장에 불리하게 만들어져 있다고 주장하고 있다. 지난 연말 코스닥 시장의 약세를 이번 대주주 범위 확대와 연관시켜 분석하는 전문가도 있다.

익명을 요구한 전문가는 "똑같은 금액을 투자하더라도 코스피시장에서는 세금을 피해갈 수 있는 반면, 코스닥 시장에서는 과세가 되는 경우가 많아 불합리하다"고 말했다.

그는 "정부는 '세수부족'이라는 하나의 명제로 정책의 허점에 대응하는 상황"이라며 "개정안으로 해마다 9월 이후 코스닥 시장 약세가 반복될까 우려스럽다"고 강조했다.

예를 들어, 똑같은 24억9900만원의 자금을 유가증권 시장과 코스닥 시장에 투자한다고 가정해보자. 2015년말 기준 유가증권 기업 중 시가총액이 2499억원 이하(지분율 1% 이상)인 기업은 과반을 다소 넘는 58.6%(520개)다. 해당 기업들은 지분율 조건에 해당돼 세금을 내지만, 나머지 41.4%(367개) 기업은 주식을 양도하더라도 과세에서 벗어난다.

반면 코스닥 시장의 경우, 같은 24억9900만원을 투자한다하면 모든 코스닥 기업(작년말 기준, 1154개)이 대주주 해당 금액 기준인 20억원을 초과한다. 같은 금액에 투자하고도 절반에 가까운 유가증권 소속기업들은 세금을 피하는 반면 코스닥 기업은 100% 세금을 물어야 하는 상황이 된다.

이에 유가증권과 코스닥 시장간 형평성 문제를 해결하기 위해 지분율과 대주주 해당 금액(시가총액 기준) 둘중 하나에만 해당되도 적용할 것이 아니라, 조건 모두에 해당할 경우에만 세금을 매기자는 의견도 있다.

또한 벤처기업 형태의 코스닥 기업들은 창업주가 대주주이며, 특정한 소수 투자자에게 초기 자본을 공동으로 태운 경우가 상당히 많다. 때문에 이들이 당장 대주주 지위에서 벗어나긴 쉽지 않은 상황인데 이들이 일부 이익실현을 할 경우 지분율이나 한도 금액 조건을 피할 수 없다는 점도 문제점으로 지적됐다. 벤처와 모험자본으로 작은 기업을 일군 이들에게 너무 타이트한 잣대를 들이댈 경우 벤처정신을 훼손할 수 있다는 지적도 이래서 나온다.

앞선 전문가는 "코스닥 투자자에게 불리한 방향으로 과세제도가 정비된다면 이야말로 역차별이 아니냐"며 "벤처기업을 육성하겠다는 정부의 '창조경제' 취지에도 위배된다"고 지적했다.

◆ 기획재정부 "주식양도세 '전면과세'로 가는 과도기"

이에 대해 기재부는 소득세법은 주식양도세 전면과세 방향으로 전환하는 과도기에 있으며 이 과정에서 일부 종목이나 시장의 형평성 문제는 발생할 수 있다는 입장이다.

기재부 관계자는 "'수익이 있는 곳에 세금을 매긴다'는 정부의 입장을 창조경제까지 연관시켜서 얘기하는 것은 옳지 않다"며 "정부의 최종 목표는 (주식양도세) 전면 과세이며, 과세 대상 범위를 늘려가야지 줄여가는 것은 말이 안된다"고 말했다.

기재부에 따르면 '양도소득세 과세 대주주범위 확대' 관련 내용을 담은 소득세법 시행령이 지난 15일까지 입법예고를 마쳤다. 이후 차관회의를 거쳐 국무회의 상정 후, 2월초까지는 공포할 예정이다.

세법 전문가는 국내 주식시장 발전과 정부의 조세 강화 기조에 따라 과세 대주주 대상이 확대되는 것은 피할 수 없다고 말한다. 다만 정부가 세밀한 정책조정에는 실패했다고 지적했다.

한 증권사의 세무사는 "우리나라 증권시장도 성숙해지면서 여태까지 비과세 였던 주식 양도세 비과세 혜택을 점점 줄여가는 과정에 있다"며 "소득에 대한 과세의 형평을 맞추기 위한 방안"이라고 진단했다.

다만 "코스닥 투자자들은 투자자금이 적더라도 지분율 조건으로 대주주가 되는 경우가 많아 코스닥 역차별 얘기가 나오는건 맞다"며 "확대의 취지는 좋았으나 시장 간 지분율 차이 등 디테일한 부분은 감안이 되지않았던 것 같다"고 덧붙였다.

[뉴스핌 Newspim] 우수연 기자 (yesim@newspim.com)