[뉴스핌=한태희 기자] 대형 제약사가 연구개발(R&D) 투자를 공격적으로 늘리는 가운데 이들이 져야 할 세금 부담이 내년부터는 줄게 됐다. 정부가 R&D 및 설비 투자에 대한 세액감면을 확대키로 해서다. 제약업계는 R&D 세제감면 확대가 숙원이다.

29일 기획재정부 및 제약업계에 따르면 신약 개발을 위해 R&D에 막대한 돈을 쏟아붓고 있는 제약사는 내년부터 세금 부담을 덜게 됐다. 정부가 지난 28일 내놓은 '2016년 세법 개정안'에는 R&D 투자 비중이 높은 제약사가 혜택을 볼 항목이 다수 담겨 있어서다.

예컨대 정부는 신성장·원천기술 R&D에 대한 세액 공제율을 높이기로 했다. 지금까진 중견기업에 적용되는 공제율이 20%였는데 이를 10%포인트 올려 30%까지 확대한다. 3년 평균 매출이 1500억원이 넘는 기업은 중견기업으로 분류되는데 다수 제약사가 해당된다.

연간 1000억원을 R&D에 투자했다면 200억원만 세액공제를 받았는데 내년부터는 300억원으로 올라간다. 그만큼 유한양행을 포함해 공격적으로 R&D를 확대하는 대형 제약사의 세 부담이 줄어든다. 유한양행은 지난 상반기에만 R&D에 395억원을 집어넣었다. 지난해와 비교하면 31.7% 늘었다. 녹십자는 전년보다 15% 늘린 490억원을, 동아ST는 30.1% 증가한 337억원을 R&D에 투자했다.

정부는 또 신성장기술 사업화 시설에 투자하는 금액도 세액공제를 해준다. 신약 개발을 위한 연구소를 짓거나 공장을 확장하면 세금을 깎아준다는 얘기다. 내년에 신설되는 이 항목의 공제율은 8%다.

R&D 세제감면 확대는 제약사의 오랜 바람이다. 지난 2월 열린 식품의약품안전처장과 제약업계 CEO 간담회 때 이관순 한미약품 대표도 이를 언급했다. 스스로 투자할 수 있는 환경 조성을 위해서는 세제감면을 확대해야 한다는 것.

한 제약사 관계자는 "이번 세법 개정으로 생산 공장에 투자할 때도 세액공제를 받게 됐다"며 "R&D 투자를 늘릴 수 있는 분위기가 생기고 있다"고 말했다.

한편 제약사가 R&D 투자를 직접 늘리지 않아도 세액 부담을 줄이면서 기술력을 확보할 수 있는 길도 넓어졌다. 기술혁신형 중소기업을 흡수합병(M&A)시 적용되는 세액공제 문턱을 정부가 낮춰져서다. 과거엔 지분을 50% 인수해야 세액공제를 받았는데 내년부터는 30%만(경영권 인수)만 확보해도 된다.

[뉴스핌 Newspim] 한태희 기자 (ace@newspim.com)